食用菌最常见和危害较严重的杂菌主要有木霉、链孢霉、毛霉、曲霉、青霉、细菌等20多种。臭氧发生器对以上菌类均有极强的杀灭效果。现主要介绍危害最为严重的下列三类菌类及臭氧发生器在杀灭细菌方面的应用。
1、木霉
木霉俗称绿霉。几乎能为害所有的食用菌，其对食用菌的为害表现为：（1）污染培养料与食用菌争夺营养和空间；（2）分泌霉素杀伤、杀死寄主；（3）木霉菌丝接触到寄主菌丝时将寄主菌丝缠绕切断。
2、链孢霉
链孢霉俗称红粉病，红面包霉病，为食用菌生产中常见杂菌，可污染所有的食用菌，是一种顽强、速生的气生霉菌，培养料受污染后，还在料面迅速形成橙红色或粉红的霉层。
3、曲霉与青霉
曲霉俗称黄霉、绿霉、黑霉等。曲霉的种类很多。黑曲霉的菌落为黑色疏松的果粒状；黄曲霉黄色、黄绿色，最后呈褐绿色；灰绿曲霉初白色后呈灰绿色；青霉，其种类多、菌落呈灰绿色、黄绿色或蓝色粉状霉层。曲霉、青霉均属常见的杂菌，它们与食用菌争夺营养、水分，并分泌霉素抑制食用菌生产。
利用臭氧发生器对食用菌的生长空间进行空气消毒，可以有效的杀灭以上菌类。另外用臭氧发生器对含有以上菌类的水进行消毒，杀菌效果更为彻底。有关实践证明，灭菌率达到99%。现在，越要越多的养殖户利用臭氧发生器对食用菌生产车间进行杀菌、消毒处理，都收到了良好的经济效益。
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